א. מנהג זה של הסליחות, הוא מנהג קדום. ועיקרו של מנהג הסליחות הוא בעשרת ימי תשובה, אולם במקומות מסויימים נהגו להקדים את הסליחות לתחילת חודש אלול, שאז עלה משה רבינו להר סיני בפעם השלישית שבסופה - ביום הכיפורים - אמר לו הקב"ה סלחתי כדבריך. ומאוחר יותר התפשט המנהג אצל כל הספרדים. ואין אומרים סליחות בראש חודש, אלא מתחילים מב' באלול.
וכל מי שאינו יכול לקום לסליחות בכל יום, יכול לבוא לחלק מהסליחות ואינו חייב לומר את כל הסליחות, מפני שאין הלכות קבועות בנוסח הסליחות. או יבוא לחלק מהימים (כגון בימי שני וחמישי). ומי שגם זה אינו יכול - יבוא לסליחות בעשרת ימי תשובה. ומכל מקום מי שיבוא לסליחות ובגלל זה בעבודתו לא יעבוד כמו שצריך בגלל שהוא עייף, ובמיוחד מי שהוא עוסק במלאכה חינוכית - אין לו לבוא לסליחות. שלא תהיה מצוה הבאה בעבירה.
ועיקר המצוה היא לומר את הסליחות באשמורת, כלומר בסוף הלילה, כפי שברור מדברי כל הפוסקים וכפי שמעיד נוסח הסליחות עצמו במקומות רבים: "קמתי באשמורת", "בן אדם מה לך נרדם", "רצה עם לך שחר. .. במעמד השחר", "ובתפלת השחר המציאם חנך", "עוררה גבורתך להקיץ נרדמים", "בעוד לילה לך קמו עבדיך במהללם", "בקר תשמע קולי בקר אערוך לך ואצפה". ולכל הפחות יקום האדם מוקדם יותר מהרגלו (אפילו מעט) לצורך הסליחות. ומי שאומר סליחות ואחר כך הולך לישון על מיטתו (ואפילו לאחר חצות), יוצא שפעמים רבות אומר שקר בתפילתו, כגון "הלילה קמתי לבקש ממך" והוא לא קם בלילה, ויוצא שכרו בהפסדו.
ואף האשכנזים נהגו לומר את הסליחות באשמורת, כפי שמופיע בדברי הרמ"א, ובשאר קדמוני אשכנז. ואפילו הסליחות הראשונות היו נאמרות בעבר באשמורת, כפי שמוכח מדברי קדמוני אשכנז. אולם היום נהגו לומר אותן בפעם הראשונה בלילה [ודווקא לאחר חצות], ע"פ הסליחה "במוצאי מנוחה קדמנוך תחילה". ואע"פ שמנהג זה בטעות יסודו, אין ליצור מחלוקת ואין לפרוש מהציבור.
איסור גמור הוא לומר סליחות בלילה לפני חצות, כפי שכתבו חכמי המקובלים, ואין להזכיר שלש עשרה מידות אלא בעת רצון ולא בלילה (לפני חצות).
ב. מה שכתב הרמ"א לכתחילה לחפש אחר ש"ץ יותר הגון וכו', כך נהגו גם הספרדים. אך בשעה שאין מי שיש בו את כל המעלות האלו וגם יודע להיות ש"ץ, כל ישראל כשרים כפי שכתב הרמ"א.
ג. אָבֵל במהלך השבעה למנהג הספרדים יכול לבוא לכל ימי הסליחות לבית הכנסת. שלא נהגו הספרדים כלל להמנע מלבא לבית הכנסת במהלך ימי השבעה, אם היה צורך כלשהו (כגון שלא היה מניין בבית האבל). ובמיוחד בימים שיש בהם קריאת התורה, עשו כמה שכתב הבית יוסף שיבוא האבל לבית הכנסת לשמוע את קריאת התורה. אמנם האבל עצמו לא יאמר בסליחות את הוידוי ולא יאמר מ"למתודה חטאתיו" עד "אתאנו".
ד. יש הנוהגים להניח טלית ותפילין בשעת אמירת הסליחות, אך זהו מנהג של עמי הארצות. ראשית, משום שהסליחות נאמרו תמיד בלילה שאינו זמן טלית ותפילין. שנית, משום שחז"ל אמנם גינו את מי שקורא קריאת שמע ללא תפילין, בגלל שהוא מצהיר על מצות תפילין ואינו מקיימה במקום, אבל מה הקשר בין סליחות לתפילין?! ואם יאמר אדם שמדובר במידת חסידות, אם כן עליו להשאיר התנהגות זו, שיש בה משום יוהרא, לתלמידי חכמים, ולא ליהודים פשוטים. ובפרט כאשר נמצאים בצבור תלמידי חכמים, שאינם מניחים תפילין בשעת אמירת הסליחות.
ה. אם אין מניין בשעת הסליחות למנהג הספרדים יש לדלג על הקדישים, ועל "שבט יהודה" עד "לכודים אסירי התקווה", וכן על "אל מלך" ו"ויעבור" שבסוף, וכן על כל הקטעים שבארמית. ואם הגיע מניין באמצע הסליחות, אפשר להשלים את הקטעים שדלגו, אם עדיין לא התחילו "למתודה חטאתיו"/"בזכרי על משכבי".
ו. מנהג התקיעה בחודש אלול הוא קדום ומופיע כבר בדברי חז"ל. ואנו נוהגים לתקוע תשר"ת לאחר קדיש על ישראל בסוף שחרית, ולפני אמירת "ברכו את ה' המבורך".
ז. נוהגים לומר את המזמור "לדוד ה' אורי וישעי ממי אירא" מראש חודש אלול עד יום הכיפורים. מפני שמזמור זה נאמר על פי חז"ל בימי הדין, ובימי צרה. והאשכנזים נהגו לאומרו עד הושענא רבה, מפני שכתוב בו "כי יצפנני בסכה ביום רעה" - שיש שפירשו אותו כרמז על סוכות. אך דברים אלו לא נאמרו על ידי חז"ל, ואין לספרדים לומר מזמור זה אלא עד יום הכיפורים.